Der Doctor spricht nicht gern über seine Vergangenheit, doch man erfährt so einiges über ihn im lauf der Serie. Er war ein sehr ängstliches Kind, von dem nicht sicher war ob es überhaupt auf die Akademie der Time Lords gehen könnte. Eine unbekannte Frau tauchte eines Nachts bei ihm unterm Bett auf und riet ihm die Angst als seinen Begleiter zu akzeptieren und dadurch stärker zu werden.

Im Alter von 8 Jahren musste er in seinemseinem Initiationsritus in den gebändigten Time-Vortex blicken. Er rannte weg und laut seiner eigenen Aussage hat er nie damit aufgehört.

Der Doctor hatte eine Familie und eigene Kinder und sogar Enkelkinder, doch darauf wird nur selten eingegangen. Im Alter von ca. 390 Jahren stahl er sich dann eine TARDIS und verließ Gallifrey um das Universum zu erkunden.

Wie der Doctor mit echtem bürgerlichen Namen heißt, ist bis heute sein größtes Geheimnis. Er stellt sich stets als „der Doctor“ vor, woraufhin oftmals die Frage kommt „Doktor wer?“ (englisch: „Doctor who?“). Er selber stellt sich jedoch nie als Doctor Who vor.

Der Doctor verbirgt seinen richtigen Namen aus unbekannten Gründen. Angedeutet wurde lediglich, dass ihm sein echter Name unangenehm ist bzw. er ihn selbst nicht hören mag. Er hat den Namen Doctor für sich gewählt und dies ist für ihn ein Versprechen an das Universum. Wo immer er erscheint, bringt er Hoffnung und Hilft so gut er kann.

Wenn er unerkannt bleiben will, stellt er sich gerne als John Smith vor. Im laufe der Zeit hat er viele weitere Namen bekommen z.b. der einsame Gott, der aufziehende Sturm oder auch einfach Süßer.

Wie alt der Doctor wirklich ist kann man nicht sagen, denn er selbst gibt öfter zu das er gerne Lügt wenn es um sein Alter geht. Manchmal behauptet er auch er hätte sein Alter vergessen, so alt ist er schon. Tatsache ist, das die Serie sich in diesem Punkt einfach sehr oft selbst widersprochen hat und man schließlich aufgegeben hat dem Doctor ein genaues Alter zu geben. Die Time Lords sind eine Spezies die sehr langlebig ist, sie können ein Alter von 900 Jahren erreichen.

Da die Time Lords aber eine Methode gefunden haben, dem Tod von der Schippe zu springen, bedeutet diese Alter nicht viel für sie. Auch der Doctor ist mit Sicherheit schon mehrere 1000 Jahre alt.

Die Time Lords haben einen Weg gefunden den Tod zu überlisten. Wenn sie im Sterben liegen können sie die Regeneration einleiten. Dabei verändert sich das Aussehen gravierend sowie auch der Charakter. Je nach Regeneration hat der Doctor eher ernste, dunkle oder humorvolle Charakterzüge.

Dieser Prozess ist auf 12 Regenerationen beschränkt. Es kann einem Time Lord aber auch mehr Regenerations Kraft geschenkt werden, so wie es beim Master und auch beim Doctor der Fall ist.

Nebenwirkungen wie vorübergehender Gedächtnisverlust und Verwirrung sind normal. In den ersten 24 Stunden nach der Regeneration ist noch sehr viel überschüssige Energie übrig, die der Doctor zur Heilung von schweren Wunden nutzen kann. Er kann sich damit sogar eine neue Hand wachsen lassen.